Zeven jaar voor de gebeurtenissen van Final Fantasy VII vergroot de Shinra Company haar invloed via militaire overmacht en een monopolie op mako-energie. Met de snel groeiende stad Midgar als basis, staat Shinra op het punt de hele wereld over te nemen.

SOLDIER is een groep van de beste soldaten binnen Shinra.De soldaten die sterk genoeg zijn om de titel SOLDIER 1st Class te verdienen, vormen de elite van de SOLDIERS. Zij worden gerespecteerd en vereerd door de bevolking.

Zack is een jonge SOLDIER 2nd Class die graag wil promoveren tot 1st Class. Hij voert dagelijks opdrachten uit onder de leiding van zijn mentor Angeal. Tijdens een opdracht in Wutai raakt een grote groep SOLDIERS onder leiding van 1st Class-soldaat Genesis vermist. Door de ernst van de situatie zetten de Shinra-bevelhebbers meteen extra soldaten in om de oorlog met Wutai zo snel mogelijk te beeindigen. Zack, Angeal en de wereldberoemde 1st Class-held Sephiroth worden op deze missie meegestuurd.

Wat zit er achter de verdwijning van Genesis? Door welke geheimen zijn de drie SOLDIERS 1st Class verbonden? Zack wacht een zware en belangrijke strijd.